管理科學與工程系是BETVLCTOR伟德官方网站曆史最為悠久的系之一。其前身為BETVLCTOR伟德官方网站管理工程系，于1979年成立，并開始招收管理工程專業研究生，1980年招收首屆本科生。1981年獲得“系統工程”博士授予權。1985年，建立管理科學與工程博士後流動站。2001年管理科學與工程學科被評為國家重點學科。2002年，所屬現代管理研究中心被評為“教育部人文社科重點研究基地”。2005年，建立“國家哲學社會科學創新基地”。“管理科學與工程學科”在2012與2017的全國高校學科評估中均被評為A+。

管理科學與工程系現有在職全職教師二十餘人，并聘有多名國外資深學者擔任訪問教授，師資中有多名國家級人才計劃入選者。本系教師承擔大量國家自然科學基金和部委的研究課題，包括多項重大/重點/人才基金課題，同時也承擔許多來自企業的研究課題。目前擁有電子商務實驗室、軟科學實驗室、企業資源規劃（ERP）實驗室等多個開放式研究平台。主要研究方向包括信息系統與信息管理、企業運作與優化、智能供應鍊、商務智能與商務分析、複雜系統建模與決策、優化模型、統計模型，及企業應用與推廣等。

系主任為衛強教授。

本科生專業：信息管理與信息系統

本專業是一門綜合經濟、管理理論、信息技術的學科，清華經管學院也是全國最早建立的信息管理與信息系統的院校之一。本專業的培養目标是培養具有國際化視野，掌握數字經濟時代商務活動規律，能夠有效開發和運用信息技術及商務分析方法以優化管理、引領創新的高素質複合型管理人才。本專業的課程體系将幫助學生獲得堅實的數理基礎、必要的信息技術技能、紮實的商務數據分析能力、系統的管理學與經濟學思維，并具有國際化視野，理解數字經濟時代商務活動基本規律，能夠分析、設計和開發信息系統，運用雲計算、人工智能等大數據分析技術以支持生産、運營、營銷、金融等各領域的管理決策和業務模式創新。目前本專業的畢業生較多選擇繼續深造，攻讀國内外碩士和博士項目外，其餘主要任職于國内外大中型機構和企業。

博士、碩士學位授予點：管理科學與工程(工學、管理學)（不分設二級學科）

“管理科學與工程”一級學科在第四次全國學科評估中為A+。管理科學與工程博士後科研流動站連續4次被評為全國優秀博士後科研流動站，是全國所有院校管理科學與工程博士後流動站中唯一獲此殊榮的流動站。博士畢業生受到國内外大學和研究機構的青睐，近年來多名博士畢業生獲得國内外一流大學的教職（如新加坡國立大學、北京大學、上海交通大學、南京大學、北京航空航天大學等）。

本學科所設立的BETVLCTOR伟德官方网站-哥倫比亞大學商務分析雙碩士學位項目等碩士項目，在國際和國内具有良好聲譽，培養的碩士畢業生受到市場歡迎。