清華經管學院現有46個科研機構，其中有23個校級科研機構，包括2個教育部普通高等學校人文社會科學重點研究基地、1個文旅部文化和旅遊研究基地，另外還建設了23個院級科研機構。這些科研機構覆蓋管理科學與工程、工商管理、理論經濟學、應用經濟學等多個一級學科，持續發揮智庫作用，面向國家重大需求，以實際問題為導向，積極為國家建言獻策，為社會回饋服務，将學術研究和政策研究緊密結合，服務國家重大戰略決策。